De conformidad a lo dispuesto en la Ley Orgánica de la Universidad de El Salvador, esta institución cuenta con una estructura orgánica que le permite realizar su funcionamiento, administrativo y académico en cumplimiento de sus fines, los relacionados con la docencia, investigación y proyección social, teniendo la función, cada una de ellas, de elaborar el diagnóstico ambiental. Dicha responsabilidad recae en:

1. Asamblea General Universitaria (AGU): según el artículo 16, es el máximo organismo normativo y elector de la Universidad de El Salvador, el cual es el órgano supremo de la misma para la interpretación de sus fines y la conservación de sus instituciones, dentro del marco de las atribuciones que la ley le determina, cuyas atribuciones se establecen en el artículo 19 literal a) que literalmente dice: «o) Conocer y resolver, en última instancia. de todo asunto trascendental que sea pertinente a la Universidad y no corresponda a la competencia de otros organismos».

2. El Consejo Superior Universitario (CSU): de conformidad al artículo 20 es el máximo organismo en las funciones administrativas, docentes, técnicas y disciplinarias de la Universidad; al efecto dictará las resoluciones pertinentes para el cumplimiento de las disposiciones de la ley y de los reglamentos universitarios, el cual dentro de sus atribuciones le corresponde, según el artículo 22 literal ñ) Elaborar los reglamentos específicos que sean necesarios para la buena marcha de la Universidad y proponerlos a la Asamblea General Universitaria para su correspondiente aprobación.

3. El Rector de la Universidad de El Salvador: según lo dispone el artículo 23 de la citada ley, el Rector es el máximo funcionario ejecutivo de la Universidad y tendrá a su cargo la representación legal de la misma. Ejecutará y hará cumplir las resoluciones de la Asamblea General Universitaria y del Consejo Superior Universitario, quien en los casos de actuación judicial o extrajudicial, previo acuerdo del Consejo Superior Universitario, el Rector otorgará el poder legal suficiente al Fiscal General de la UES, quien podrá sustituirlo conforme a las leyes, quien dentro de sus atribuciones le corresponde dar cumplimiento a lo dispuesto en los literales e) y f) del artículo 26 de dicha ley, que literalmente dicen: e) Proponer las normas convenientes para el mejoramiento de la Universidad y resolver por sí o con previo acuerdo del Consejo Superior Universitario, los asuntos de carácter administrativo o docente previstos en los reglamentos y f) Adoptar las medidas ejecutivas necesarias para asegurar la buena marcha de la Universidad y la debida coordinación de sus dependencias.

4. Las Juntas Directivas de las Facultades: según el artículo 29 de la mencionada Ley, la Junta Directiva de cada Facultad estará integrada por el Decano, por dos representantes del personal académico, dos representantes de los profesionales no docentes y dos representantes de los estudiantes de la respectiva Facultad. Habrá igual número de suplentes. El Decano presidirá la Junta Directiva mientras dure el ejercicio de su cargo y los demás miembros representantes, lo serán por dos años, pudiendo ser reelectos para un periodo más en forma consecutiva. Los directores de las escuelas y departamentos de cada Facultad constituirán en un Comité Técnico Asesor de la Junta Directiva, el cual dentro de sus atribuciones y deberes queestablece el artículo 32 de la Ley se encuentra lo dispuesto en el literal d) que literalmente dice: d) Proponer al Consejo Superior Universitario la creación, supresión, anexión o fusión de escuelas, institutos u otros organismos dependientes de la Facultad a fin de que sean aprobados.

5. Atribuciones y deberes del Decano: según lo dispuesto en el artículo 31 de la ley antes citada, el Decano y el Vicedecano serán electos por la Asamblea General Universitaria, de entre los candidatos que presentarán los docentes, los profesionales no docentes y los estudiantes de su respectiva Facultad, quienes durarán en sus funciones cuatro años, pudiendo ser reelectos para un período más en forma consecutiva, el cual dentro de sus atribuciones y deberes que le confiere el artículo 33 de la ley le corresponde además lo dispuesto en el literal d) que literalmente dice: Adoptar, dentro de sus funciones ejecutivas, todas las medidas que sean necesarias para asegurar la buena marcha de la Facultad y la debida coordinación entre sus dependencias.

6. Facultades que integran la Universidad de El Salvador: (FJJCCSS); (FCCEE); (FCCHH); (FCIMAT): (FIA); (FCCAA), (RN): (FOUES); (FM):- (FMOCC); (FMP); y (FMO).