El diseño y formulación de la presente política se ha planteado desde la necesidad de organizar la investigación en la Universidad bajo la Metodología de Programas de Investigación. El borrador de política del año 2016 había definido algunas áreas estratégicas de investigación (ahora áreas prioritarias de investigación) (SIC-UES, 2016). Luego de una revisión crítica, las mismas se han actualizado y redefinido de tal forma que ahora cada una sea conceptualizada, desarrollada teórica y operativamente para generar los Programas de Investigación. Éstos a su vez deberán ser diseñados y gestionados a partir del análisis y diagnósticos de la realidad social, desde enfoques multi e interdisciplinarios y tomando en cuenta las condiciones materiales y técnicas de posibilidad de la Universidad. Este documento toma en cuenta los siete ejes de la agenda regional de investigación del Consejo Superior Universitario Centroamericano (CSUCA).

Las áreas de Investigación de la Universidad son de acuerdo al Manual de Frascati:

1. Ciencias Naturales.
2. Ingeniería y Tecnología.
3. Ciencias Médicas y de la Salud.
4. Ciencias Agrícolas y Veterinarias.
5. Ciencias Sociales.
6. Humanidades y artes.

Las líneas prioritarias de investigación de la Universidad de El Salvador son las siguientes:

1. Cambio climático y vulnerabilidad socio ambiental;
2. Protección, conservación y manejo del medio ambiente;
3. Producción y eficiencia energética;
4. Seguridad alimentaria y nutricional;
5. Salud Pública en prevención, vigilancia y control epidemiológico, diagnóstico y tratamiento de la enfermedad;
6. Memorias, identidades e interculturalidades;
7. Violencia, seguridad y pobreza;
8. Democracia, ciudadanía y estado de derecho;
9. Educación para el desarrollo social;
10. Calidad de la formación profesional;
11. Desarrollo económico sustentable y sistema productivo;
12. Desarrollo e innovación tecnológica.