Instaurar las líneas generales para organizar y desarrollar la investigación científica, tecnológica e innovación de la Universidad de El Salvador, orientada a la generación y divulgación de nuevos conocimientos e innovación tecnológica, que impacten positivamente en el desarrollo socioeconómico del país, la elevación continua de la calidad del proceso de formación profesional y a la preparación científica de sus docentes.

• Establecer un sistema que permita gestionar la investigación desde la SIC-UES y el CIC-UES, donde se integre la actividad científica, tecnológica y humanística de las comunidades académicas de investigadores de las Facultades, los institutos, centros y unidades de investigación y transferencia de tecnología con los sistemas de pregrado, posgrado y la proyección social para su articulación con la sociedad.
• Estructurar la organización científica de la Universidad de El Salvador a través de la metodología de Programas de Investigación y otros mecanismos.
• Potenciar el sistema de investigación con las políticas y/o programas existentes de movilidad académica e intercambios científicos de instituciones nacionales e internacionales.
• Fomentar el desarrollo de la investigación orientada a resultados transferibles a la sociedad: procesos, productos o servicios que generen activos intangibles a la Universidad y contribuyan al desarrollo socioeconómico y a la competitividad del país.
• Desarrollar la planificación, seguimiento, evaluación y control de estas políticas a fin de que el sistema de investigación funcione eficientemente y dar a conocer los indicadores de ciencia y tecnología que se generan en la universidad.

En consonancia con los objetivos específicos, las políticas tienen que cubrir tres lineamientos: 1) el impacto de la función investigativa; 2) la organización de la investigación; y 3 ) la coordinación de la investigación de la comunidad académica, con las funciones de docenciaproyección social, posgrados y los actores externos (financiadores, entidades pares, Estado, sector productivo, sectores sociales, organizaciones no gubernamentales, organismos de cooperación internacional, creación de empresas a través de los resultados de las investigaciones, entre otros).