En los años cincuenta la vida de la Universidad resultó ser un reflejo de los acontecimientos que vivía el país, teniendo momentos de encuentros y desencuentros de la actividad académica e investigativa con la sociedad (López Bernal, 2012). En el tiempo delimitado de análisis se distinguen dos períodos claramente definidos, uno de auge de la UES y otro, el declive de la investigación científica en el país. El período de auge inicia en 1944 y cierra en 1972 y el de decadencia inicia en 1972, toca fondo en 1980-1984 con el conflicto armado de la guerra civil y se extiende hasta el año 2000, posterior a los Acuerdos de Paz (Macaya Trejos, 2005).

En el período de auge destaca la calidad del liderazgo que dirigió la investigación científico, el cual fue capaz de establecer principios, programas e instituciones para dirigir el desarrollo académico y la investigación de primer mundo; además de construir un tejido de relaciones nacionales e internacionales que apoyaron la investigación científica, con prolongadas estancias de investigadores europeos, principalmente alemanes, argentinos, entre otras nacionalidades que dieron un fuerte impulso a la investigación universitaria.

El período de decadencia comienza con la intervención militar del campus universitario en 1972, se interrumpe la reforma académica, se destruye gradualmente el liderazgo académico y científico, se expulsa a los investigadores extranjeros, se detiene el desarrollo de los investigadores nacionales y se saquea la Universidad con la pérdida de la moderna infraestructura científica lograda en las dos décadas previas. Los programas de desarrollo de la Institución fueron reducidos al mínimo. En 1984 la Universidad recuperó el campus e inicia, en el contexto de la guerra y extremas limitaciones económicas, un esfuerzo de reconstrucción académica y científica con resultados modestos. Luego con la firma de los acuerdos de paz, la actividad política del país entra en una nueva normalidad y con ello la vida de la Universidad, sin contar con políticas que definan el desarrollo de la investigación científica y mejora de la calidad académica (MacayaTrejos, 2005)

La firma de los acuerdos de paz no garantizó un apoyo sustancial al desarrollo académico de la Universidad y a la investigación científica, ya que la educación superior no fue parte fundamental de las prioridades educativas del Estado y los firmantes de los acuerdos de paz. Por otro lado, las autoridades superiores de la Universidad, no lograron definir una política de investigación científica consistente, a pesar de que se crearon cuerpos para dirigir la investigación tales como Consejos y Unidades, éstos no lograron incidir significativamente en el desarrollo de la investigación. Entre las causas que justifican esta situación según expone Macaya Trejo (2005) están:

1. La pérdida de personal científico calificado, así como el deterioro de la infraestructura y equipamiento para el desarrollo de la investigación científica durante el período de guerra y postguerra en el país;
2. La organización y conformación inadecuada, con docentes de baja formación en investigación, lo cual contribuyó a que buena parte del trabajo realizado por estos organismos hayan estado enfocados en normar la investigación, diseño de reglamentos y otras acciones de corte administrativo con poca actividad orientada realmente a fomentar la investigación científica; y
3. Las estrategias y metodologías educativas de la Universidad en los últimos años se han fundamentado, mayormente en la transferencia pasiva del conocimiento, sin mayor énfasis en el desarrollo del pensamiento crítico y reflexivo, la innovación y el desarrollo científico y tecnológico.

El diagnóstico institucional realizado por Macaya Trejo (2005), permitió recopilar información acerca de los trabajos realizados por 192 Docentes-Investigadores, lo cual representaba el 11.6% de la planta docente de la Universidad. En los trabajos de investigación registrados no se tomaron en cuenta los seminarios de graduación de pregrado en general, por el carácter más bien formativo de las investigaciones; incluyéndose únicamente aquellos que forman parte de temáticas de investigación desarrolladas por docentes-investigadores en forma continua, apoyándose en el trabajo de diferentes estudiantes egresados y en proceso de graduación. De los trabajos de investigación identificados en el período comprendido entre enero de 1998 a diciembre del 2000, 23 fueron producto de tesis de maestría y doctorado, realizados en la Universidad o en Instituciones extranjeras, 18 correspondieron a trabajos de graduación ubicados en la definición dada anteriormente y el resto se derivaron de iniciativas de los Investigadores (Comisión de Investigación Científica y Tecnológica, 2001).

En este mismo orden, se evaluaron las Capacidades de la Investigación Científica en la UES, describiendo el Sistema de Investigación Universitaria en sus componentes y relaciones, analizando la importancia de un desarrollo global de la investigación, como prerrequisito para desarrollos especializados o sectoriales, indicando que, frente a la limitación de recursos, sobre todo humanos, y pocas estrategias de coordinación y articulación, la investigación universitaria, podría ser sistematizada, organizando sistemas y subsistemas interdependientes, bajo una lógica de prioridades de la siguiente manera:

1. Un sistema regulador y evaluador central, colegiado. Que en nuestro caso corresponde a la Secretaría de Investigaciones Científicas de la Universidad de El Salvador (SIC-UES), en coordinación con el Consejo de Investigaciones Científicas de la Universidad de El Salvador (CIC-UES).
2. Un conjunto de Unidades de Investigación organizadas de diversas formas y con ejecución descentralizada de sus actividades de investigación y apoyo especializado. Corresponde esto a la organización de las Unidades de Investigación de cada Facultad, con la misión de promover, gestionar, facilitar y dar seguimiento a los programas y proyectos de investigación científica en las áreas disciplinares de su competencia, articulándose con los siguientes sistemas:
• El Sistema de Posgrado, organizado alrededor de programas de estudios pertinentes y de calidad de la propia institución, y programas de formación en el extranjero
• Las Bibliotecas, Centros de Documentación e Información, como integradores de los procesos de entrada de información, incluyendo el acceso a las grandes redes de información y bases de datos (Internet).
• Las actividades editoriales y de difusión de la Investigación, como integrador del proceso de publicación de resultados y salida de la información.
• La Cooperación técnica y científica, como actividad central de información de la oferta de recursos disponibles externos y de las posibilidades de capacitación especializada.
• Los mecanismos de protección y gestión de la propiedad intelectual e industrial, indicadores de la producción científica universitaria, los de vinculación y proyección con el entorno social y productivo del país.
• La SIC-UES a través de la Oficina de Transferencia de Resultados de Investigación y Vínculo Externo (OTRIVE), como referente para la transferencia de conocimiento y tecnología a la sociedad a partir de resultados de la actividad científica que se realiza en la universidad.
• La Oficina de Innovación y Transferencia de Tecnología de la Universidad de El Salvador (INTTEC-UES), la cual promueve el emprendimiento innovador y la creación de Empresas de Base de Conocimiento (EBC) o Empresas de Base Tecnológica (EBT) a partir de los resultados de las investigaciones de la comunidad universitaria. Las actividades del INTTEC-UES estarán coordinadas con la SIC-UES.

En el año 2012 se desarrolló un taller para dar paso a la creación de la Secretaría de Investigaciones Científicas de la Universidad de El Salvador (SIC-UES), con el Acuerdo Nº 021-2013-2015 (X-1) del Consejo Superior Universitario, tomado en sesión ordinaria celebrada el día 15 de mayo de 2014, se aprobó la propuesta de conformación de la Secretaría de Investigaciones Científicas, como organismo que promueve, coordina, gestiona la investigación científica bajo políticas y estrategias definidas, priorizando áreas de acción. Todo con el fin de facilitar, agilizar y proponer cambios a las instancias administrativas correspondientes, así como innovar los sistemas universitarios implicados en el proceso de investigación.

La Secretaría debe ser el organismo de promoción de la cultura de investigación y la divulgación de la actividad científica desarrollada en la Universidad, cuyo resultado será la generación de nuevo conocimiento de carácter interdisciplinario, pertinente que facilite la obtención de recursos financieros de apoyo a la investigación básica y aplicada. De esta manera se busca posicionar a la Universidad de El Salvador, como la institución de educación superior líder en temas de investigación científica que responda satisfactoriamente a las transformaciones y necesidades de la sociedad salvadoreña.